赤山湖国家湿地公园记录有兽类5目7科14种，分别是远东刺猬（Erinaceus amurensis）、大臭鼩（Suncus murinus）、灰麝鼩（Crocidura attenuata）、东亚伏翼（Pipistrellus abramus）、黄鼬（Mustela sibirica）、鼬獾（Melogate moschata）、狗獾（Meles meles）、猪獾（Arctonyxcollaris）、赤腹松鼠（Callosciurus erythraeus）、黑线姬鼠（Apodemus agrarius）、黄胸鼠（Rattus flavipectus）、褐家鼠（Rattus norvegicus）、小家鼠（Mus muscullus）和华南兔（Lepus sinensis）。